Действие игры разворачивается в конце 1988 года в Японии, в период экономического пузыря, за семнадцать лет до событий оригинальной Yakuza. Повествование ведётся от лица двух протагонистов — молодых Кадзумы Кирю и Горо Мадзимы. Они, находясь в разных городах, оказываются втянутыми в конфликт между различными фракциями якудза за контроль над небольшим, но критически важным участком земли, известным как «Пустой участок».